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Ce schéma illustre le moment auquel chaque test peut déceler une infection au SARS-CoV-2.

Depuis le début de la pandémie, de nouvelles méthodes n’ont cessé d’être développées pour diagnostiquer une éventuelle infection au SARS-CoV-2.

Tests PCR

Le tout premier test capable de détecter le génome viral du coronavirus SARS-CoV-2 par la technique de biologie moléculaire PCR (Polymerase Chain Reaction, ou réaction en chaîne par polymérase) a été conçu dès la mi-janvier 2020. Les tests PCR permettent de déceler une infection aiguë.

Tests sérologiques 

Les premiers tests dits sérologiques ont été mis au point peu de temps après. Ils permettent de déterminer, à partir d’un échantillon sanguin, si une personne a fabriqué des anticorps contre le SARS-CoV-2 et a déjà fait l’objet d’une infection.

Tests antigéniques

Il existe également aujourd’hui des tests rapides capables d’identifier la présence de protéines du virus, appelées antigènes, dans un prélèvement nasal ou pharyngé. Ces tests permettent eux aussi de démontrer une infection aiguë.

Vous trouverez davantage d’informations sur les différents types de tests dans ces deux articles :

Tous les tests possèdent des avantages et des inconvénients. Mais lequel est le « meilleur » à quel moment ?

Quelle méthode de test est la plus opportune à quel stade d’une infection ?

Les différentes méthodes de test poursuivent différents objectifs et sont efficaces à différents stades de l’infection.

Le schéma ci-dessus illustre le moment auquel chaque test peut déceler une infection au SARS-CoV-2. Les intervalles de temps représentés s’appuient sur les résultats d’études scientifiques, mais constituent de simples approximations, car les valeurs fluctuent entre les études. La charge virale, l’infectiosité et la probabilité de pouvoir détecter une infection au SARS-CoV-2 ne sont illustrées que sur un plan qualitatif, sans échelle sur l’axe Y. L’infobox contient davantage d’informations à ce sujet.

SARS-CoV-2 : severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère)
PCR : polymerase chain reaction (réaction en chaîne par polymérase)

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Hypothèses et sources à l’origine du graphique

Le temps d’incubation (délai entre la contamination et l’apparition des premiers symptômes) indiqué dans notre schéma s’élève à 5 jours, ce qui correspond à la moyenne. Il peut toutefois aller jusqu’à 14 jours. Nous sommes également partis du principe que l’infectiosité (degré dans lequel le sujet est contagieux) augmente 2 à 3 jours avant l’apparition des symptômes et atteint son niveau maximal peu avant que les symptômes se déclarent. Ensuite, l’infectiosité diminue et s’estompe après environ 10 jours.  Selon la durée du temps d’incubation, il est toutefois possible qu’un sujet soit contagieux avant les 3 jours précédant le début des symptômes et le reste jusqu’à 28 jours dans les formes graves de la maladie. Les tests PCR actuels sont si sensibles qu’ils parviennent à détecter de façon fiable une charge virale même faible. Dans un cas d’évolution standard de la maladie, la présence du virus peut donc être démontrée par PCR du cinquième jour environ précédant le début des symptômes jusqu’au vingtième jour environ suivant leur apparition. La médiane (valeur située au centre dans un classement des valeurs mesurées par importance) des tests PCR positifs est de 20 jours. Cependant, des cas de tests PCR positifs jusqu’à 60 jours après le début des symptômes ont été signalés. Les tests antigéniques ne sont fiables pour détecter un cas positif que lorsque la charge virale est relativement élevée et probablement encore au cours de la première semaine suivant le début des symptômes. Les données à ce sujet sont toutefois encore peu abondantes à ce jour. Pour l’apparition d’anticorps (séroconversion), nous avons indiqué une élévation dont la médiane se situe dans la deuxième semaine suivant l’apparition des symptômes. Les études sont particulièrement disparates à ce sujet, avec un intervalle rapporté de 4 à 22 jours. Sources : RKI, JAMA, Nature, Medrxix

 

Au stade initial d’une infection, la plupart des patients ne présentent aucun symptôme. Le virus peut toutefois se multiplier rapidement pendant cette période. En général, les personnes infectées sont le plus contagieuses peu avant l’apparition des premiers symptômes. Un test PCR ordinaire peut détecter le SARS-CoV-2 de façon fiable même si la charge virale est (encore) extrêmement faible. Un test antigénique rapide ne livre par contre un résultat positif fiable que si la charge virale a déjà augmenté. Ces deux tests donnent une indication sur une infection active aiguë. Le test antigénique rapide pourrait donc surtout servir à identifier les personnes présentant une charge virale importante, qui représentent probablement un plus grand risque de contamination pour les autres.

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Qu’est-ce que la charge virale ?

Selon notre glossaire sur le coronavirus, la charge virale, ou concentration de virus, désigne la quantité de virus trouvée dans un certain volume d’échantillon de test d’une personne. »

La charge virale culmine à un stade précoce de l’infection au SARS-CoV-2, puis diminue progressivement. D’infimes quantités d’ARN viral peuvent néanmoins persister plusieurs semaines, voire plusieurs mois, dans le nez ou la gorge. Les données disponibles sont encore insuffisantes pour comparer le degré d’infectiosité des personnes avec des charges virales différentes. Certains éléments indiquent toutefois qu’il est peu probable que les malades continuent de propager fortement le virus environ huit à dix jours après l’apparition des symptômes.

 

À l’inverse, les tests sérologiques, qu’il s’agisse des tests ordinaires ou rapides, ne conviennent pas pour diagnostiquer une infection aiguë. Le plus souvent, l’organisme ne commence à fabriquer des anticorps contre le SARS-CoV-2 qu’une à deux semaines après l’apparition des symptômes (anticorps IgM et IgG dans le schéma ci-dessus). Un test sérologique peut par contre révéler si une personne est déjà entrée en contact avec le virus, si l’infection a provoqué une réponse immunitaire et si cette personne est éventuellement protégée contre une nouvelle infection au coronavirus par des anticorps durables. Des indications suggèrent qu’aucun anticorps ne peut toutefois plus être observé après une courte période, spécialement chez les patients asymptomatiques.

En résumé, chaque test a un rôle à jouer dans la pandémie

Il peut être admis que les différentes méthodes de tests sont complémentaires. Le test « idéal » dépend de la question à laquelle on souhaite obtenir une réponse et du moment auquel le test est pratiqué. Et bien entendu, le coût, la disponibilité du matériel requis et les capacités des laboratoires doivent également être pris en compte. Chaque test possède des avantages et des inconvénients, aucun n’est parfait, mais utilisés judicieusement, tous peuvent jouer un rôle dans la pandémie.

À l’heure actuelle, le test PCR garde un statut de mètre étalon pour le diagnostic en laboratoire, car il est le plus fiable pour mettre en lumière une infection active aiguë.  Un test sérologique peut indiquer a posteriori si une personne est déjà entrée en contact avec le virus, consciemment ou non, ou si elle présente une infection qui est en train de s’estomper. Cette méthode permet d’évaluer dans quelle mesure la COVID-19 s’est répandue parmi la population, ou en d’autres termes, quel pourcentage de la population a déjà été en contact avec le virus et est potentiellement immunisé (protégé). En raison de la variabilité de l’immunité d’un cas à l’autre, toutefois, ils ne permettent pas de chiffrer avec certitude les infections passées inaperçues. Aujourd’hui, les tests antigéniques rapides entrent à leur tour dans la danse. Ils sont certes moins fiables que les tests PCR, mais peuvent révéler une infection active aiguë plus rapidement et à un coût moindre, en particulier chez les personnes qui présentent une charge virale élevée et sont probablement les plus contagieuses. Ces tests pourraient bien changer la donne dans la lutte contre la pandémie.

Auteur : Michèle Weber (FNR)
Rédaction : Jean-Paul Bertemes (FNR)

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