Matériel de laboratoire contaminé

© LCSB

Les énigmatiques petits ARN provenaient de la partie en silicone des colonnes au travers desquelles les échantillons liquides sont passés afin d’isoler l’ARN.

« C’est le cauchemar de tout chercheur travaillant en laboratoire de réaliser que l’on n’a peut-être pas travaillé aussi prudemment que l’on aurait dû, » dit Anna Heintz-Buschart. La chercheuse au Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) de l’Université du Luxembourg est membre du groupe Eco-Systems Biology dirigé par Paul Wilmes. Et elle est également contente que ce cauchemar ait été épargné à son équipe, même si ce qu’ont découvert les chercheurs du LCSB soulève quelques questions. 

Première découverte de grandes quantités de petites molécules d’ARN d'abord prometteuse 

L’origine de cette découverte par le groupe Eco-Systems Biology du LCSB mené par Paul Wilmes remonte à plusieurs années : les chercheurs avaient alors découvert la présence de petits ARN dans des échantillons de selles humaines. Un résultat enthousiasmant au démarrage car ces petits ARN jouent un rôle important dans l’organisme. Ils sont, par exemple, impliqués dans la régulation de l’expression des gènes, et, dans certaines maladies, comme le cancer, les petits ARN humains semblent être dérégulés.

Les chercheurs ont étudié les petites molécules trouvées dans les échantillons et les ont comparées à des petits ARN déjà connus dans le sang humain. « Nous avons trouvé que plus de la moitié des petits ARN que nous avions isolés à partir de sang humain avaient une origine non-humaine. Ils provenaient de bactéries, de champignons, d’aliments ou même de moustiques, » explique Paul Wilmes. « Au début, nous avons pensé que c’était un résultat intéressant, » continue-t-il.

L'examen de la structure des molécules aboutit aux premiers doutes

L’hypothèse à ce moment-là était la suivante : ces ARN sont issus d’organismes étrangers présents dans l’intestin et pénètrent dans la circulation sanguine à partir de là. Si cette idée se confirmait, ce serait non seulement un progrès important par rapport aux connaissances actuelles mais aussi une découverte avec des conséquences pratiques considérables. Ces molécules pourraient alors être utilisées en tant que biomarqueurs pour de nombreuses maladies. Une simple analyse sanguine permettrait aux chercheurs et médecins d’avoir un aperçu des processus biologiques en cours dans l’intestin.

Les scientifiques luxembourgeois ont poursuivi leur théorie plus avant. Ils ont analysé plus en détails la composition exacte de ces petites molécules et ont finalement commencé à avoir des doutes. « Nous avons trouvé des traces d’ARN provenant d’organismes que l’on ne s’attend vraiment pas à trouver dans l’organisme humain, comme des algues ou des bactéries aquatiques, » détaille Paul Wilmes. « Cela commençait à n’avoir aucun sens. »

La cause est un kit de laboratoire contaminé provenant d'un fabricant leader mondial

À ce moment-là, le directeur du groupe Eco-Systems Biology avait déjà déposé un brevet pour la méthode d’extraction biomoléculaire. Mais les chercheurs voulaient maintenant en avoir le cœur net. Et ce, même si ce qu’ils pourraient découvrir risquait d’être fâcheux pour eux, en ce sens que leurs travaux pourraient avoir été réalisés dans des conditions insuffisamment propres. Ils ont alors décidé d’analyser tous les réactifs de laboratoire généralement utilisés pour isoler l’ARN des prélèvements sanguins. 

« Quand j’ai commencé les expériences, j’étais vraiment inquiète, » explique le Dr Anna Heintz-Buschart qui a joué un rôle majeur dans cette enquête. Après maintes analyses fastidieuses, l’équipe a fini par déterminer la cause du problème : les énigmatiques petits ARN provenaient de la partie en silicone des colonnes au travers desquelles les échantillons liquides sont passés afin d’isoler l’ARN.

En dehors du soulagement de savoir qu’ils n’étaient pas eux-mêmes la cause de la contamination, la frustration est l’autre sentiment qui a submergé l’équipe. La découverte de ce défaut dans les kits d’extraction a en effet mis à bas une partie de leurs propres travaux. Cependant, ils ne sont pas les seuls dans ce cas : le kit de laboratoire provenait d’un fabricant leader mondial qui était utilisé partout dans le monde. En examinant la littérature scientifique et les jeux de données d’autres chercheurs, l’équipe a ont trouvé exactement le même type de contamination que celle qu’ils ont observé. Les résultats de ces études doivent donc maintenant être réévalués.

Une découverte gênante, mais importante pour la recherche

Le fabricant des colonnes a depuis révisé ses kits. L’équipe de Paul Wilmes a développé des recommandations générales détaillant comment éviter toute contamination lors de l’isolation des ARN. De cette façon, rien ne fera plus obstacle à l’obtention de résultats exploitables avec ces colonnes d’extraction. « Nos travaux montrent à quel point les chercheurs doivent examiner leurs propres résultats de façon critique, surtout en biologie, » souligne Paul Wilmes. « Il est possible qu’un résultat majeur ne puisse pas être reproduit, simplement parce qu’une partie de la procédure expérimentale n’était pas fiable. »

Bien sûr, cette découverte a généré de la frustration. Mais pour l’équipe LSCB, il était important, après avoir découvert le problème, de ne pas s'arrêter là et de trouver une solution. Paul Wilmes raconte qu’il n'a pas été facile de rendre publique cette histoire. « Nous ne nous sommes peut-être pas fait beaucoup d'amis avec ce genre de travaux – surtout parmi ceux dont les publications reposent sur des données contaminées », déclare le scientifique. « Mais je pense que c'était important que nous le fassions ».

Auteur : LCSB/FNR

Editeur : Uwe Hentschel

Photo : LCSB

 

 

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