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Video sur la surveillance de la grippe au Laboratoire national de santé (LNS)

Bien que le nombre de nouvelles personnes infectées est légèrement en déclin, le nouveau coronavirus reste un sujet d’actualité dans le monde entier. Jusqu`à présent, il y a eu 43.103 personnes infectées et 1018 décès dans le monde entier (42.708 cas et 1017 décès en Chine, source : WHO, état du 11/02/2020).

Pour le moment, aucun cas a été confirmé au Luxembourg. Néanmoins, le département de microbiologie au Laboratoire national de santé (LNS) est prêt à identifier d'éventuels cas au Luxembourg. Cela se ferait grâce à un nouveau test de diagnostic. Un premier test a été développé par des chercheurs au Charité à Berlin dans les 3 semaines après l'identification du nouveau coronavirus. Les scientifiques du LNS ont immédiatement mis en œuvre ce test dans leur laboratoire.

Cela a nécessité quelques heures supplémentaires. Et ceci au cours d’une période dans laquelle le département de microbiologie est en fait très occupé par un autre virus - le virus de la grippe.

Des millions de cas graves et de centaines de milliers de décès par an dans le monde

Chaque année, d’octobre à avril dans l’hémisphère Nord et d’avril à octobre dans l’hémisphère Sud, les épidémies de grippe touchent des millions de personnes dans le monde. Si la grippe saisonnière reste la plupart du temps bénigne, elle est cependant responsable de millions de cas graves et de centaines de milliers de décès par an.

Entre 291.000 et 646.000 personnes dans le monde meurent chaque année des suites d’une maladie respiratoire liée à la grippe saisonnière. Au total, entre 3 et 5 millions de cas d’infection avec les virus grippaux – la cause de la grippe – sont enregistrés dans le monde chaque année (source : WHO), avec 0.02% de cas sévères et un taux de mortalité de 0.0014% sur toute la population.

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La grippe – pathogène, symptômes, traitements et vaccin

La grippe est causée par les virus influenza qui appartiennent à la famille des orthomyxoviridae. Cette famille de virus s’attaque principalement aux voies respiratoires (nez, gorge, bronches). Les symptômes apparaissent de 1 à 4 jours après la contamination et se caractérisent par l’apparition d’une forte fièvre, de douleurs musculaires, de maux de tête, d’une sensation de malaise, d’une toux sèche, d’une gorge irritée et d’une rhinite. Même si la plupart des personnes atteintes guérissent en une à deux semaines sans traitement médical, la grippe peut provoquer de graves complications chez les populations déjà vulnérables comme les jeunes enfants, les personnes âgées et les malades souffrant de pathologies chroniques (pneumopathies, problèmes cardiaques et rénaux, cancer, immunosuppression, etc.). Pour ces groupes à risques, une vaccination contre la grippe est recommandée.

Au Luxembourg, les services de virologie et sérologie (VIRO) et d’épidémiologie et génomique microbienne (EPIGEM) jouent, depuis plusieurs années, un rôle essentiel dans la surveillance de la grippe au Grand-Duché. Ils documentent des cas suspects et examinent des échantillons biologiques pour la présence de virus grippaux. En moyenne, ils enregistrent 317 cas d’infections confirmés par saison dans le réseau sentinelle sur 770 échantillons testés (qui couvre environ 4% de la population luxembourgeoise).* Actuellement le nombre de cas confirmés s’élève à 164, mais nous arrivons au pic de l'épidémie saisonnière 2019/2020.

Selon des statistiques publiées par le Ministère de la Santé, en moyenne, 84 personnes meurent chaque année au Luxembourg suite à la grippe et pneumopathies**, c.à.d. des maladies du poumon. Il n'est cependant pas toujours évident de déterminer la raison précise du décès. De nombreux patients ne meurent pas directement de l’infection virale, mais succombent à des complications secondaires, telles que des infections bactériennes, des embolies pulmonaires ou une septicémie.

*Chiffres obtenus par le LNS sur les saisons 2009-2010 à 2018-2019.
**Chiffres publiés par le Ministère de la Santé pour 2009-2017.

Surveillance au niveau national et international

« Pour lutter contre les épidémies saisonnières, des mécanismes de surveillance ont été mis en place à la fois au niveau national et international », précise le Dr sc. Guillaume Fournier, responsable adjoint du service de virologie et sérologie. « Mais la tâche n’est pas aisée. Le simple rhume et la grippe ont en commun de nombreux symptômes et il est parfois difficile, voire impossible, de faire la différence entre les deux en se basant uniquement sur ceux-ci. Souvent, les patients ne réalisent même pas qu’ils ont la grippe. Dans 80% des cas, l’infection grippale passe inaperçue ou est assimilée à un léger refroidissement.

Le département de microbiologie du LNS, la Direction de la Santé du Ministère et un réseau de médecins généralistes et de pédiatres répartis dans tout le pays collaborent chaque année, d’octobre à avril, pour assurer une surveillance sentinelle de la grippe. « Les médecins du réseau nous communiquent chaque semaine la proportion de leurs patients qui ont présenté une infection respiratoire aigüe (IRA) ou un syndrome grippal (Influenza like Illness ou ILI) pendant une journée de consultations », explique le Dr sc. Guillaume Fournier. « Ils nous envoient également les prélèvements de nez et gorge des patients présentant un syndrome grippal.

Nous les analysons ensuite en utilisant un procédé de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ainsi que des méthodes de séquençage pour détecter la présence du virus de la grippe et en caractériser le type et la souche. Une fois par semaine, nous mettons à jour les données relatives à l’activité de la grippe et informons les médecins, le ministère de la Santé ainsi que le grand public via notre newsletter et la page Surveillance de la grippe du site web du LNS. Dans le même temps, nous transmettons nos statistiques et les résultats des PCR à l’ECDC. »

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Une large variété de virus se modifiant en permanence

Dr sc. Fournier explique que la tâche de surveillance n’est pas toujours simple. « Mais la tâche n’est pas aisée. Il n’existe pas un mais plusieurs virus influenza. Ces virus qui peuvent affecter l’être humain sont de trois types : A, B et C. Les types A et B sont à l’origine des épidémies saisonnières, mais le type A peut parfois provoquer des pandémies. Ce dernier peut en effet évoluer génétiquement par deux mécanismes distincts. Le premier est appelé glissement antigénique. Des modifications mineures dans les gènes du virus apparaissent au fur et à mesure de sa multiplication. Ces mutations génétiques produisent généralement des virus semblables aux précédents mais qui, par accumulation avec le temps, aboutissent à des virus antigéniquement différents. Lorsque cela se produit, le système immunitaire peut ne pas les reconnaître. Le deuxième mécanisme est appelé cassure antigénique et se caractérise par un échange de matériel génétique entre deux virus influenza ou plus. Ce nouveau virus peut être si différent que la plupart des gens ne sont pas immunisés contre lui. Il peut donc s’étendre très rapidement et causer une pandémie. »

Dr sc. Fournier ajoute: « Les grippes saisonnières peuvent varier fortement d’une année à l’autre. Par exemple, la saison 2017-2018 a été particulièrement intense. Nous avons reçu deux à trois fois plus d’échantillons : 2.000 avec 54% de cas positifs, contre 600 avec 36% de cas positifs l’année précédente. Les virus en circulation étaient également très diversifiés avec 27% de type B, 24% de type A H1N1 et 3% de type A H3N2. »

Les modifications génétiques constantes des virus influenza imposent d’ajuster chaque année la composition du vaccin. Pour ce faire, le réseau mondial de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) collecte et analyse toutes les données virologiques et épidémiologiques relatives à la grippe en provenance des quatre coins du globe. Sur base des informations recueillies par le réseau, l’OMS sélectionne les souches de la grippe qui seront à la base de la production du nouveau vaccin.

C’est également le cas pour les données luxembourgeoises, comme Dr sc. Fournier précise: « A la fin de la saison grippale, nous transférons toutes nos données relatives aux souches des virus influenza ayant circulé au Luxembourg aux autorités sanitaires européennes et mondiales (ECDC et OMS) pour leur permettre de réaliser une surveillance épidémique globale et choisir les souches appropriées à inclure dans le vaccin pour la prochaine saison épidémique. »

Un laboratoire national de référence pour la grippe et autres maladies infectieuses

La surveillance sentinelle ne constitue qu’une partie des missions du LNS comme laboratoire national de référence pour l’influenza. « Nous apportons également notre expertise aux hôpitaux ainsi qu’aux autres laboratoires et les aidons dans le cas d’épidémies ou de découverte d’un sous-type inattendu », ajoute le Dr sc. Guillaume Fournier.

« Nous sommes le seul laboratoire de diagnostic du pays à disposer d’une installation de biosécurité de niveau 3 (BSL-3) dédiée à la surveillance de la grippe. Cela signifie que notre environnement de travail nous permet de diagnostiquer et de manipuler des virus grippaux hautement pathogènes. De plus, depuis l’entrée en vigueur de la loi du 1er août 2018 sur la déclaration obligatoire de certaines maladies dans le cadre de la protection de la santé publique, le rôle du département dans la surveillance de certaines maladies infectieuses va certainement augmenter. »

Le BSL3 permet au département de microbiologie du LNS de prendre en charge d’autres maladies virales émergentes. Dr sc. Fournier donne des précisions:  « Ainsi, nous sommes équipés pour tester des échantillons de patients suspectés d'être infectés par différents virus causant des épidémies dans le monde, incluant la fièvre jaune, le virus du Nil occidental, Zika, Ebola...Plus récemment, nous avons mis très rapidement en place une méthode permettant le diagnostic moléculaire du nouveau Coronavirus (Covid-19, abbr. : Corona Virus disease 2019). En collaboration avec la Direction de la santé et le CHL, un parcours a été organisé pour prendre en charge les patients répondant aux critères de l'OMS et traiter leurs échantillons dans les plus brefs délais. »

Auteur: LNS
Éditeur: Michèle Weber (FNR)
Vidéo: LNS

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